Az EP plenáris ülése 577 képviselő támogatásával, 75 ellenszavazattal és 38 tartózkodással elutasította a géntechnológiával módosított élelmiszerekről és takarmányokról szóló1829/2003/EK rendeletnek a tagállamok számára a területükön való felhasználás korlátozására, illetve megtiltására biztosított lehetőség tekintetében történő módosítására tett bizottsági javaslatot, egyúttal felhívta, hogy terjesszen elő egy új, megfelelőbb javaslatot.
A politikai csoportok visszautasításának fő oka a javaslathoz kapcsolódó hatástanulmány hiánya, az egységes belső piac miatt a termékek mozgásának gyakorlati ellenőrizhetetlensége, illetve az volt, hogy ez utóbbihoz a határellenőrzések visszaállítására lenne szükség. Többen kiemelték, hogy a javaslat nem felel meg Jean Claude Juncker bizottsági elnöknek a GMO engedélyezés demokratizálására tett ígéretének: a demokratikusan megválasztott kormányok álláspontjának a tudományos állásfoglaláshoz hasonló súlyt kell képviselnie. A rendelet végrehajtásához az alapanyagok határokon történő ellenőrzésére lenne szükség. Ezzel, egyrészt az áruk szabad áramlásának korlátozása, másrészt a költségek növekedése veszélyeztetné az európai mezőgazdaság versenyképességét, ami a nehezen ellenőrizhető élelmiszer- és takarmányimport növekedését vonhatja maga után.
Kisebbségi vélemény volt, hogy fel kell lépni az EU nagyrészt génmódosított forrásból származó növényi fehérje import függősége ellen, továbbá hogy a jó minőségű, hagyományos élelmiszerek is versenyképesek, valamint az, hogy minden államnak biztosítani kell a jogot, hogy népességének élelmezéséről döntsön. Többen felvetették az Európai Élelmiszer-biztonsági Hatóság által végzett munka átláthatóságának javítását és a Hatóság kockázatelemzésének megerősítésének szükségességét.
A Bizottság részéről Andriukiatis biztos kifejtette, hogy a javaslattal arra az engedélyezések során állandósult, blokkolt helyzetre kívánt megoldást nyújtani, amelyben a minősített többségi döntés hiánya miatt mindig a Bizottságra marad az engedélyezés felelőssége. Visszautasította annak vádját, hogy a tervezet ellentétes az egységes belső piac szabályaival. A hatásvizsgálat kapcsán korábbi álláspontját erősítette meg, amely szerint a tagállami intézkedések lehetséges sokszínűsége miatt uniós szintű értékelés nem lehetséges. Veszélyesnek tartotta az Európai Élelmiszer-biztonsági Hatóság véleményének, ezáltal a tudományos állásfoglalás megkérdőjelezését. A szavazás végén sajnálatát fejezte ki a kialakult negatív hangulat miatt, jelezte, hogy a Bizottság nem vonja vissza javaslatát és reményét fejezte ki, hogy lesz mód őszintén és nyíltan folytatni a tárgyalásokat.
